Segundo Margulis, a célula eucariótica típica teria surgido seqüencialmente, em 3 etapas:
1) Proto-eucarionte tornou-se hospedeiro de bactérias aeróbias, obtendo mitocôndrias;
2) Proto-eucarionte tornou-se hospedeiro de cianobactérias obtendo plastos;
3) Proto-eucarionte tornou-se hospedeiro de bactérias espiroquetas, obtendo cílios, flagelos e, mais tarde, outras estruturas com base em microtúbulos como os centríolos e citoesqueleto.
Todavia o exemplo mais importante é aquele que deu origem às células eucariotas.
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